Üniversitenin temelleri, Kazakistan Cumhurbaşkanı Nursultan NAZARBAYEV'in 6 Haziran 1991 tarihli kararıyla, Sovyetler Birliği'nin dağılmasından kısa bir süre önce Türkistan Devlet Üniversitesi olarak atılmış ve üniversitenin temel görevi, “Orta Asya'nın tarihî ilim ve kültür merkezi olan Türkistan şehrini kalkındırmak” olarak belirlenmiştir.

Kazakistan Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı Nursultan NAZARBAYEV ile Türkiye Cumhuriyeti Başbakanı Süleyman DEMİREL arasında, 29 Nisan-1 Mayıs 1992 tarihinde gerçekleşen Almata zirvesinde yayımlanan “Ortak Bildiri” ve 1 Mayıs 1992'de iki ülke arasında imzalanan “Eğitim, Bilim, Kültür ve Spor Alanlarında İşbirliği Anlaşması” ile, Türkistan Devlet Üniversitesinin iki ülkenin ortak üniversitesi hâline getirilmesi kararı alınmış ve konuyla ilgili Mutabakat Zaptı, 28 Eylül 1992'de Ankara'da imzalanmıştır.

Anlaşma uyarınca hazırlanan İşbirliği Sözleşmesi ve Eki Tüzük, 30 Haziran 1993'te Almata'da imzalanmıştır. İşbirliği Sözleşmesi ve Tüzüğün T.C. Bakanlar Kurulu tarafından 24 Eylül 1993 tarih 93/4848 sayılı karar ile onaylanması ve 15 Ekim 1993 tarih 21729 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanmasını müteakip, Üniversitenin kuruluşu tamamlanarak yönetimi Mütevelli Heyetine devredilmiştir.

Üniversitenin ilk Mütevelli Heyet Başkanlığına, 18.10.1993'te Başbakan Başdanışmanı Namık Kemal ZEYBEK atanmıştır. 17.05.1999 tarihinde ikinci kez bu göreve atanan ZEYBEK, 20.07.2006 tarihine kadar görevini sürdürmüş ve yerini 20.07.2006 tarihinde Em. Org. Çetin DOĞAN'a bırakmıştır. Mütevelli Heyet Başkanlığını, 08.03.2008 tarihinde Hacettepe Üniversitesi öğretim üyesi ve AKDTYK Atatürk Kültür Merkezi Başkanı Prof. Dr. Osman HORATA devralmıştır. HORATA’nın görev süresinin dolmasının ardından 09.05.2015 tarihinde Gazi Üniversitesi öğretim üyesi Prof. Dr. Musa YILDIZ Ahmet Yesevi Üniversitesi Mütevelli Heyet Başkanlığına atanmıştır. 22.05.2020 tarihinde Ahmet Yesevi Üniversitesi Mütevelli Heyet Başkanlığına Marmara Üniversitesi Öğretim Üyesi Prof. Dr. Muhittin ŞİMŞEK atanmıştır.

Tüzük gereği Üniversite Rektörü Kazakistan Cumhuriyeti, Rektör Vekili (Eş Rektör) ise Türkiye Cumhuriyeti Yüksek Öğretim Kurulu tarafından atanmaktadır. Şu an Üniversitenin Rektörlüğünü Dr. Janar Temirbekova, Rektör Vekilliğini (Eş Rektör) ise Prof. Dr. Peyami Battal yürütmektedir.

Üniversitenin iki ülke arasında ortak ve uluslararası bir öğrenim kurumu hâline gelmesinden sonra, Ahmet Yesevi Üniversitesi adına öğrenci alımı 1994-1995 Öğretim Yılında başlamış ve bu çerçevede Türkiye'den ve diğer Türk devlet ve Topluluklarından öğrenciler Kazakistan'a gönderilmiştir. Ahmet Yesevi Üniversitesinde, bugün 10 fakülte ve 1 yüksekokulda 12 binden fazla öğrenci öğrenim görmekte ve 900’ü aşkın akademik personel görev yapmaktadır.

Üniversitenin merkez yerleşkesi, Güney Kazakistan'daki Türkistan Şehrinde 300 hektarlık bir arazi üzerine kurulmuştur. Merkez yerleşke dışında, Türkistan ve Kentav şehirlerinde de eğitim binaları bulunmaktadır. 1993 yılında Çimkent Pedagoji Enstitüsü; 1999 yılında da Taraz Enstitüsü Üniversitemize bağlanmıştır. 2009 yılında da, Çimkent'teki Güney Kazakistan Tıp Akademisi öğrencilerinin mezun oluncaya kadar eğitimlerini üniversitemizde tamamlamaları kabul edilmiştir. 2008-2009 ders yılından itibaren ise Mütevelli Heyet kararıyla, Çimkent ve Taraz Enstitülerine Ahmet Yesevi Üniversitesi adına öğrenci alımı durdurulmuş ve bu enstitüler Kazakistan Cumhuriyeti Eğitim ve Bilim Bakanlığına devredilmiştir.

Kazakistan Cumhurbaşkanı Nursultan Nazarbayev ve Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı Abdullah Gül arasında, 21-24 Ekim tarihlerinde gerçekleşen Ankara zirvesinde; Türkiye ve Kazakistan, 22 Ekim 2009 tarihli, taraf ülkelerin hak ve yükümlülüklerine açıklık getiren “Hoca Ahmet Yesevi Uluslararası Türk-Kazak Üniversitesi'nin İşleyişine Dair Anlaşma” ile, eğitim alanındaki işbirliğini daha da geliştirme iradesini ortaya koymuşlardır.

Türkiye ve Kazakistan Milli Eğitim Bakanlarınca 22 Ekim 2009 tarihinde Ankara’da imzalanan “Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti ve Kazakistan Cumhuriyeti Hükümeti Arasında Hoca Ahmet Yesevi Uluslararası Türk-Kazak Üniversitesinin İşleyişine Dair Anlaşma” ve 23 Aralık 2010 tarihli “22 Ekim 2009 tarihli Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti ile Kazakistan Cumhuriyeti Hükümeti Arasında Hoca Ahmet Yesevi Uluslararası Türk-Kazak Üniversitesinin İşleyişine Dair Anlaşmaya değişiklikler Getirilmesi Hakkında Protokol”, Taraf Devletlerin üniversiteyle ilgili hak ve yükümlülüklerini yeniden düzenleyerek zaman içinde ortaya çıkan idari ve hukuki sorunlara çözüm getirmektedir.

Yeni Anlaşma ve eki Protokol, Kazakistan Parlamentosunda 9 Ocak 2012’de (Egemen Kazakistan Gazetesi, 17 Ocak 2012); Türkiye Büyük Millet Meclisi’nde 25.01.2012’de 6272 Sayılı Kanunla (Resmi Gazete, 03.02.2012 tarih ve 28193 sayılı nüsha) kabul edilmiş; konuyla ilgili 5.3.2012 tarihli Bakanlar Kurulu kararı (Resmi Gazete, 23.03.2012 tarih ve 28242 sayılı nüsha) yayımlanmıştır. 7 Ağustos 2012 tarihli Bakanlar Kurulu Kararı ile de (7 Ağustos 2012 tarih ve 28377 sayılı nüsha) Anlaşmanın yürürlük tarihi 28 Mart 2012 olarak belirlenmiştir.

Mütevelli Heyet Başkanlığı, Ankara'daki binasında faaliyetlerini sürdürmektedir. Aynı şekilde, Türkiye Türkçesiyle Uzaktan Eğitim Programlarının (TÜRTEP) koordinasyonu da Ankara'daki birimlerinden yürütülmektedir.

Üniversitemizde 12 fakülte ve 1 yüksekokulda, Türkiye ve Kazakistan başta olmak üzere 46 devlet, Türk ve Akraba Topluluklarından 16.000’e yakın öğrenci örgün eğitim görmektedir.

Türkiye Türkçesiyle Uzaktan Eğitim Programları (TÜRTEP) olarak uzaktan eğitimde 19 lisans ve yüksek lisans bölümünde yaklaşık 5.500 öğrenci eğitim görmektedir.